تأسس المركز الوطني لتنمية الموارد البشرية في سنة 1990 تحت اسم المركز الوطني للبحث والتطوير التربوي كأحد المراكز التابعة للمجلس الأعلى للعلوم والتكنولوجيا، حيث أنشئ استنادا للمادة رقم "11" من قانون المجلس رقم (30) لسنة 1987.

 كان للمركز دور بارز في بناء القدرات الوطنية ومأسسة عمليات التطوير التربوي خلال المرحلة الأولى من خطة التطوير التربوي للأردن التي انطلقت في  سنة 1988. ومع انتهاء المرحلة الأولى والمباشرة بالمرحلة الثانية من الخطة انتقل عمل المركز إلى المفهوم الأشمل لتنمية الموارد البشرية الوطنية واستثمارها عن طريق تحسين المواءمة بين مخرجات التدريب والتأهيل والتعليم وبين متطلبات سوق العمل. ومن هنا فقد وسع المركز منظور مهامه لتشمل بالإضافة إلى دعم عمليات التطوير التربوي جوانب أخرى تندرج ضمن المفهوم العام لتطوير الموارد البشرية وتنميتها.

وانسجامًا مع هذه التطلعات جاء قرار المجلس الأعلى للعلوم والتكنولوجيا في سنة 1995 باعتماد المسمى الحالي للمركز ليصبح " المركز الوطني لتنمية الموارد البشرية". وفي سنة 1998 تم إقرار نظام المركز الصادر بموجب قانون المجلس المشار إليه أعلاه.